按我的理解，题主想知道的有两个问题：
① 新发现的植物，采集者要怎么进行分类？
② 新发现的植物，采集者在命名时会用什么当成种加词？
嗯，这两个问题是新种发表的时候会要遇见的：这玩意到底是哪一类东西？这东西到底该叫什么好？
虽然本人还看不到何时有机会发新种……至少了解发新种的一些故事……
煮个栗子：杜鹃红山茶 Camellia azalea
据说某大学一直以山茶科分类闻名，某泰斗是山茶科的专家，这个大学的一些学者也对于这个类群很熟悉，一次在华南某地，看到很奇怪的茶花，花色艳丽，形态类似杜鹃，但又明明是茶花的结构，跟其他地方看到的各种茶花都不大一样，于是乎，为了纪念老专家，就打算以“张氏红山茶”作为中文名，学名也以老专家的姓氏进行拉丁化，作为种加词。
奈何同一地区另一个单位的分类学者也看到这种“杜鹃身子茶花心”的奇异物种，得知了消息来到这所大学，还借阅了采集到的标本，也确认这确实是一种新的、没有发表的茶花。于是乎，兴冲冲地写论文、描述形态学特征、指定模式标本……整个流程下来，倒是抢了个先机，先发表了这个物种。
于是乎，根据植物命名规则的“优先原则”，这种茶花的正式学名确认为 Camellia azalea ，中文名为“杜鹃红山茶”；而“张氏红山茶”和对应的学名 Camellia changii 则成为了异名。
下面是正文：
准确地说，“植物采集者”并不一定会面对这两个问题；很多新种是分类学家对采集回来的标本进行鉴定时发表的，并且常常由于对标本的鉴定意见不一致，而发生种的拆分和归并的情况。
当你在野外看到某种奇葩，心里想着“我擦我不是发现了个新种吧”，兴高采烈地采集标本，回去之后，标本鉴定的结果，90% 是——原来这奇葩就是这个种啊，还以为能发个新种呢。
剩下的 10% 当中，90% 的情况是——这东西我查不出来啊，问问导师认不认识——原来这奇葩就是这个种啊，我怎么鉴定不出来呢，还以为能发个新种呢。
好吧最后只剩下 1% 的情况，这时候你才要面对上面的两个问题。
也就是说，先要学会认种，才可能接触到发现新种。
认种大牛们有一句经常挂在嘴边的话，认种要看气质。
啥是气质？气质就是同类群的植物无法用言语归类的相似特征，这些特征以视觉特征为主，有时还有气味、质地或者其他的东西。
即使是从没见过的种类，如果积累了足够多的经验，你也可以凭借这些“气质”给植物归类，找到它们的亲戚。
扯远了扯远了，还是回归原来的问题吧。
① 新发现的植物要怎么分类？
其实，对于不同时期的植物采集者而言，这个问题是不大一样的。
18、19 世纪，是博物学的黄金时代，那时对于欧洲的博物学家而言，有太多的新大陆可以探索，有太多闻所未闻见所未见的新物种可以发现、记录。那个时代，新发现的物种太多，可以说发现的不仅仅是新种，很多时候是新的类群；对于新发现的植物，博物学家们要做往往是“设立新的类群”，而不仅仅是“归入旧的类群”。新发现的植物，有相似特征和“气质”的，也就会被归为同一个类群，正如那些已经发现的植物，也会根据特征进行归类。
而对于后博物学时代的采集者、分类学家们，面对的多半就是“归入旧的类群”这么一个问题了。
这里需要提及一个很重要的方法：检索——利用检索表，对手头的标本进行归类，找到所属的类群。按照检索表的条目，一步一步归类，总可以找到新发现的物种的亲属；实在是找不到任何类似的亲属，经过其他证据的确认，还是可以建立一个新的类群。到了现在，能发表一个新的类群，是十分难得的事情。
做分类的也是有各自的地盘的——地球上的植物种类实在是很不少，真要都认识，从娘胎出来到寿终正寝，每天平均也得新认个十来种，这种愿望，肯定属于“有生之年没希望实现”之列——所以说，野采的时候，除非确实是太奇葩引起好奇的东西，否则如今的以发现新种为目标的采集者们，能够注意到的东西，也多半是自己熟悉的类群。因此现实当中往往不会出现“这个新种要怎么分类”的情况，而是“这个种肯定是这一类的，它到底是不是个新种”。
到底是不是个新种，谁说了算呢？
在没有 DNA 序列性状作为证据之前，这个问题其实是很感性的。
煮个栗子先：
M. Gandoger 这位老兄把 3 种柳树（Salix purpurea, S. reticulata, S. caprea）给分成了两百多种，据说依据是包括柳叶的长短之类的性状……
_(:з」∠)_
你一定要说是新种，别人不承认，还不是把所谓的新种给归并了？反正各自有各自的道理。
所以《中国植物志》当中才充斥着大量的“我们认为 !@#$%^& 这样的处理是不合适的，应该予以归并”之类的内容……
好像又扯远了……
现代 DNA 测序技术的出现带来了福音：DNA 序列性状，作为相对来说最稳定的、有普适性的、可以数值化的性状，成为划分物种的比较可靠的证据。
所以现在发一个新种，基本上都要通过 DNA 序列（主要是 rbcL 和 ITS 序列）的比对，说明这个种在系统发育当中的位置的。
总结一下：
博物学的黄金时代，新发现的东西非常多，而且当时分类并不完善，可以根据特征归类，至于归类的结果么，其实是很任性的。经典例子是林奈的《自然系统》——嗯没错，就是那个提倡双名法的林奈Carl von Linné；他明明只是数了数雄蕊嘛，太没技术含量了╮(╯_╰)╭
而后博物学时代，新发现的物种，基本上都可以根据特征来归类了；你可以用检索表来实现这一点。
到了基因时代，分类越来越依赖测序——不认识这是啥？测个序先~
[唉要说等到测序技术普及到可以在野外随时随地测出结果，形态分类学者也差不多要丢掉饭碗了吧……]
② 新发现的植物要怎么命名？
首先得说说这双名法。
双名法看着蛮简单的，一个属名一个种加词，加上一大堆拉丁文的词性变化，好像也没啥了不起的，为什么会出现“方法简单量又足，我们一直在用它”这样的情况？
其实这种方法说出了最重要的两点：第一，它跟谁像；第二，它跟像它的，有啥不一样。
属名问题，其实还是上文所说的“归类”问题；你把一群长得像，气质接近，有亲缘关系的植物归到一类，然后给它们命上一个姓氏。
种加词呢，就是给某一个物种取一个名字。
到底这属名和种加词要怎么取，取什么呢？嗯，这才是问题的实质。
植物的属名来源有很多，简单归纳一下：
1. 原来就有，学名只是拿来用，或者是其他语言的拉丁化。
槭树属 Acer，拉丁文指一种槭树。
银杏属 Ginkgo，词源是日语对银杏的称呼（ginkgo，即“金果”）。
唇柱苣苔属 Chirita，词源是印度的一种叫 Chirita 的植物。
罂粟属 Papaver，拉丁语中 papaver 就是指罂粟。
2. 描述外形特征。
野芝麻属 Lamium，词源是希腊语的 laimos 咽喉，指这一类植物的花有喉管。
银合欢属 Leucaena，词源是希腊语的 leukos 白色的，指花的颜色是白色。
昙花属 Epiphyllum，词源是希腊语的 epi 在……上面 +phyllon 叶，指花生在扁平的叶状枝上面。
3. 描述用途。
熏衣草属 Lavandula，词源是拉丁语的 lavo 洗，指它的香水可以用来洗澡。
变叶木属 Codiaeum，词源是希腊语的 kodeia 头，指叶用以制造花环。
4. 与已命名的植物相似的，可以加上词缀。
田麻属 Corchoropsis，词源是 corchorus 黄麻属 + 希腊语 opsis 模样，指外形似黄麻。
绿绒蒿属 Meconopsis，词源是希腊语 mekon 罂粟 +opsis 模样，指外形像罂粟。
5. 纪念某人。
黄皮属 Clausema，纪念P. Clausen，17 世纪丹麦植物学家。
火把花属 Colquhounia，纪念Robert Colquhoun，l9 世纪印度加尔各答植物园的赞助人。
珙桐属 Davidia，纪念Père Armand David，1826-1900，法国传教士，曾在中国采集植物标本。
蒋英木属 Tsiangia，纪念Tsiang-ying蒋英，中国植物学家。
山茶属 Camellia，纪念George Joseph Camell，1667-1706，捷克旅行家。
6. 描述产地。
喙嘴核桃属 Annamocarya，词源是 Annam 安南（今越南）+karyon 坚果，指其产地。
南洋杉属 Araucaria，词源是 Arauco 智利地名，指模式种产地。
圆柏属 Sabina，词源是 Sabine 意大利地名，指模式种产地。
7. 描述其他特征。
凤仙花属 Impatiens，词源是拉丁语的 impatiens 急躁的，指果实成熟之后一碰就裂开，凤仙花图片恰恰就是一味中药，名字就是“急性子”。
石龙尾属 Limnophila，词源是希腊语的 limne 沼泽 +philos 爱好，指本属植物生于沼泽中。
至于种加词，由于词性为形容词，很多情况下种加词属于对某个性状的描述，这一点跟属名很相似。
譬如最开始的那个栗子，Camellia azalea，azalea 就是像Azalea属的意思，Azalea是杜鹃花科当中的一个属；changii 则是纪念张老先生。
又如雷公青冈（胡氏栎）Cyclobalanopsis hui，hui 就是纪念胡先啸先生。
而现在发表的新种，往往是以地名作为种加词的。
Primulina duanensis都安报春苣苔
Primulina dongguanica东莞报春苣苔
Firmiana danxiaensis 丹霞梧桐
不过也描述特征的也不少见。
Primulina glandaceistriata 褐纹报春苣苔：glandulaceus 粟黄色的 +striatus 具条纹的
Primulina carinata囊筒报春苣苔：carinatus 具龙骨状突起的
所以说，当你如果真的有幸要发表一个新种的时候，种加词其实蛮好想：首先看看，有没有人需要纪念；其次，没有的话，看看产地是哪里；然后看看有没有夺目的特征或者十分独特的性质，并且这个种加词在这个属当中还没有用过。总有一种情况可以吧？
更新：
先加些照片吧，以下多图预警
讲一个查了很久“为什么学名是这个，中文名到底应该怎么翻译”的故事。
西番莲这种东西大家知道么？很萌哒~
好吧，如果你不大能接受这种设定，只会觉得，天哪，这真是一朵奇葩！
可能“百香果”这个名字大家更熟悉吧，也有叫它“热情果”的；为啥翻译成这名字？
还是得从学名当中找根据：
西番莲属 Passiflora
词缀 flora 意为“花”；而“百香果”的“百香”，除开算是描述它的果实有丰富的香味，顺变也算是 Passi 的音译；“热情果”则是其英文名 Passion fruit 的意译。
可是这 passion 从何而来？给这类花取名的植物采集者，被谁的热情感染了？
其实完全没热情什么事：此学名的前缀来源于拉丁语的 passio，意为苦难，由于雄蕊 + 花丝的形状很像十字架，3 分裂的柱头极像 3 根钉子，[你们看]
所以传入欧洲的西番莲，也就被传教士们以受难花命名 [宗教徒的脑洞还真是不小哇]。
所以说，passion flower 也好，passion fruit 也罢，都是不了解学名造成的误读罢了。
还是忍不住再次吐槽命名者的脑洞……
自从高中尝过一次蜜桃百香果的花果茶，对于这东西诡异的中文名“西番莲”也有了印象，本人就一直期待可以见到野生的西番莲。某次逛植物园，逛到林深不知处，看到了这个东西：
诶这货怎么这么萌呢！
终于捕获野生的西番莲一只！！
不仅是西番莲，还是袖珍版的，折让对一切具体而微的东西都萌到不行的答主雀跃到要爆炸了啊！！！
拍到好东西，当然要查一查到底姓甚名谁，是怎样的存在，于是乎本人开始翻《中国植物志》，检索到细柱西番莲 Passiflora gracilis ，查查描述什么的都很像。
嗯，这个时候需要再查查图片。
查植物千万不要相信度娘！
查植物千万不要相信度娘！
所以我还是在 Google 上查了查：
Passiflora Gracilis Photo by cvijet-info
还有这个
http://www.exot-nutz-zier.de/images/prod_images/Passiflora_gracilis.jpg
http://ecoport.org/ep?SearchType=pdb&PdbID=18617
诶怎么感觉画风不一样啊？
叶子差的有点远是不是？一个像是画竹叶一样的“个”字形，一个是胖胖的三块，花色也不大一样，怎么回事啊？
当时本人也相当疑惑，说实话《中国植物志》上的描述更接近 Google 上查到的图片（叶三浅裂，本人拍到的明显已经超过浅裂的程度，应该是明显的深裂了）。正当苦恼到不行之时，又查了查CFH——没错，中文名还是“细柱西番莲”，可是这个学名，不一样了啊？
Passiflora suberosa 这是怎么一回事啊？
接着到处搜，在这里找到了点证据：
http://taibnet.sinica.edu.tw/chi/taibnet_addpicture3.php?name_code=204998&id=15988
http://taibnet.sinica.edu.tw/chi/taibnet_addpicture3.php?name_code=204998&id=15989
这两张照片就蛮像的嘛，终于找到本家了？
说到底，还是得多找多比较啊……
再者，其实学名还是会说话的。
种加词 gracilis，意为细长的、纤细的，嗯没错这两种西番莲都是挺弱不禁风的样子；
种加词 suberosa，一开始查不到这个种加词；我以为是 sube+rosa，大概跟 Rosa 蔷薇属有啥关系？可是这花实在不像玫瑰月季什么的，也没有特别的香味……直到查到 pseudosuber 这个词，意思是“假栓皮”，而 pseudo 明显是“假”的前缀，那么答案就出来了——suberosa→suber+osus 的变格 osa，后者意思为多的，也就是多栓皮的意思。
恰巧有本人的照片为证：
下面一张是剥掉木栓的样子；基本上可以肯定，这东西的学名是 Passiflora suberosa 无误了。
顺便吐槽一下，细柱西番莲 [习主席翻脸，哈哈哈哈] 这个中文名，完全是根据 Passiflora gracilis 意译来的，虽然云南说不定也确实有这一种，但 Passiflora suberosa 这种还是换个名字比较好吧？
用那个三角叶西番莲？“个”字形的叶子真的适合被叫成三角叶么？
拟个栓皮西番莲的中文名，似乎更合适一点？
好吧，似乎已经超越原题了；不过拟名字这一点，不管是学名还是中文名，都还是有所讲究的，如果我的故事能让大家对这件事情有所了解，产生兴趣，it’s my pleasure。
更新于 2015 年 2 月 2 日 23:33:33（这么长的 233333 我才不是故意的！）
客官，这篇文章有意思吗？
好玩！预告 App 接着看 (????) ?
再逛逛吧 ˊ_>ˋ
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