根据熊本县表示，由于本次地震所导致的房屋全毁数量至少达到400栋，并集中在阿苏地区。而包含半毁坏与部分损毁等房屋则超过2000栋以上。
由于持续不断的余震，也造成许多民众无法回到自家。根据熊本县表示，截至17日下午2点半为止，约有11万人在县內国中小等地共723处避难。此外，总人口约74万人的熊本市內避难人数最多，约有5万人进行避难，占了熊本县內的避难人数近半数。
由于道路中断等使得物流网大乱，因此也出现了饮用水与食物无法顺利送达避难所的情况。而大分县內，则是有约1000人进行避难。
在受灾地相继传出物资不够的抱怨声中，虽然日本政府与附近的地方政府持续收集救援物资，但由于行政作业出现混乱等情形，使得救援物资无法顺利送至灾民的手中。
17日下午，在熊本市的灾害对策总部会议上，该市负责人强调目前的困境表示:“今晚的食粮也很欠缺，非常危急。”
自16日凌晨发生地震后，在熊本市中央区，收容约400人进行避难的熊本国府高中校园內，避难民众们以折叠椅排出“SOS”的文字。虽然该高中为市指定避难场所，但直到17日下午为止，救援物资仍然未送达该处。
17日上午10点，在熊本县益城町的町综合体育馆，自卫队派遣的行动厨房前，出现约80人的排队人潮。抱着4个月大的婴儿，居住于熊本市东区的34岁白川Mika拿到饭糰后，露出疲惫的表情表示:“我排了1个小时。”虽然她在2处行动厨房来回，但为了让4个13岁以下的孩子们优先果腹，她自己几乎没什么进食。不知是否因为此缘故，导致母乳无法正常分泌。虽然她曾前往町公所，但却无法如愿取得想要的尿布与奶粉。
在熊本县南阿苏村，由于作为物资运送主要路线的阿苏大桥崩塌，该村所储备的2500份粮食与156瓶饮用水，至16日为止已全部清空。在成为避难所的南阿苏西国小內，居民取用泉水，运来自家发电机并使用电子锅进行料理以渡过眼前困境。担任当地区长的67岁川崎哲志表示:“目前我们还可以靠自己的力量想办法渡过，但如果长期这样，可能无法撑下去。”
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