黄轩小时候父母离婚，妈妈还在广州生活，爸爸在北京又有了新的家庭。平时，和黄轩联系最密切的亲人是奶奶，他经常打电话和奶奶谈心。黄轩说：有些事虽然老人听不懂，但我就喜欢和她唠叨一下。
家庭的变故给黄轩最大的感受是，以后要做一个对任何事情都负责的人。黄轩说：要做一个会调剂自己性格的人，不冲动、不盲目。一旦结婚就意味着责任，男人的担子要顶得住。看准了，就不离婚!
黄轩曾祖父为黄文中(1890—1946)，字正心，后改字中天，甘肃临洮洮阳镇人。东京明治大学经济学学士，并加入同盟会。回国后任甘肃省教育厅一科科长，并在各大、中学校兼课。他抨击军阀专制，批评时政，倡导民主自由，有民主斗士之称。
1931年黄文中经北京远去上海，以写字、撰稿的酬金维持生计。在上海期间，时值九.一八事变，东北沦陷，民族危亡，他与爱国民主人士沈钧儒、黄炎培、李公朴等有过交往，并代表甘肃省出席了在上海召开的民主救国会议，发表了抗日救亡演说，引起各界的注意与赞扬。
据知情人士透露，黄轩曾有过两段恋情，而这两段恋情都是姐弟恋。 黄轩的第一段恋情，是上大学时与一位师姐陷入热恋，毕业时两人分手，而分手的原因则是性格不合。
黄轩的第二段恋情是与女演员李倩，李倩是华谊经纪公司的艺人，湖南长沙人，比黄轩大一岁，在冯小刚的《一九四二》中李倩扮演老东家的儿媳妇，戏份不少。李倩与黄轩的恋情虽没有公开，但有粉丝爆料两人曾一起出国旅游。
2011年9月李倩做客微博聊天，黄轩以网友身份提问称呼李倩为可爱的小老师，李倩回应他大牛。据知情人士透露，黄轩与李倩在2012年初已经分手，原因不明。去年9月，有媒体向黄轩询问与李倩的恋情，黄轩给予了否认。
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