专家认为，人体有超过80%的免疫功能是以肠道中菌群平衡为基础。滥用抗生素大量破坏益生菌，使胃肠道内对抗生素敏感性强的微生物减少，而敏感性差的菌群趁机大量繁殖，破坏肠道微生态平衡，为体外病菌侵入繁殖创造了条件。
抗生素两大来源：养殖用料+医药排放
众所周知，无论是从数量还是从分布范围而言，细菌在地球上的存在均是人类无法企及的。在漫长的生物进化过程中，细菌获得了产生一种被人类称为“抗生素（antibiotic）”的化学物质的能力，这类物质能够抑制或者杀死其他种类的微生物。与此同时，微生物也平行进化出能抵抗这些化学物质的能力，被人们称为“耐药性（drug resistance）”。也就是说，微生物在人类发现和使用抗生素的亿万年之前，就已经具有耐药性了。无论是“抗生素”还是“耐药分子”，其本质都是菌株的代谢产物，参与菌株的理化代谢过程。在抗生素类药物被人类广泛使用的过程中，致使菌株在抗生素类药物选择压力下，进化为介导菌株对抗生素类药物不敏感的功能基因，即为通常意义上的耐药基因。
记者调研发现，水中抗生素主要来自医院和药厂废水、水产和畜禽养殖废水以及垃圾填埋场，大部分抗生素无法在现有工艺下有效去除，导致河湖水体成为抗生素和耐药基因库。
长江保护与绿色发展研究院的科研人员在长江中下游地区调查发现，
在生猪、肉鸡、水产等养殖过程中，因养殖密度高，不少养殖户为降低感染发病率，习惯在饲料中添加各类抗生素。
比如生猪饲料中，硫酸粘菌素、金霉素都是常用抗生素，有的一吨饲料能添加一斤抗生素药物。一些渔业养殖户坦承：“养鱼养蟹饲料中肯定要拌抗生素，不然一死一大片肯定赔钱。”
制药厂和医院废水含有高浓度抗生素，致流域污染严重。研究人员发现，有的饮用水水源地上游5公里分布着大型医药生产企业的排污口。如长三角某市水源地附近有3家医药公司排污口，一些长江支流交汇处有六七家制药厂，废水含有高浓度抗生素。
调研发现，近年来，长江流域虽加大整治力度，但有不少中下游的化工、制药、中低端制造、畜禽养殖等类企业往上游或支流转移，污染形势严峻。
中国科学院院士朱永官的最新研究表明，动物摄入的抗生素大部分以原药或代谢产物形式经动物粪便和尿液进入土壤、水体，并通过食物链对整个生态环境产生毒害，影响植物、土壤微生物和动物的正常生命活动和功能。更严重的是，抗生素的环境残留会诱导选择抗性细菌，促进抗性基因横向转移，导致微生物耐药性扩散，而携带抗性基因的微生物扩散到新环境会进一步繁殖，并有可能通过基因横向转移将抗性基因传递给病原菌，给健康带来灾难性危害。